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Subject: Chromatin Conformation and Gene Expression

Description: Bienvenue sur la liste de diffusion CHROCOGEN !

La liste CHROCOGEN (CHROmatin COnformation and GENe expression) a pour but de faciliter les échanges entre scientifiques qui s'intéressent aux mécanismes cellulaires de régulation de l'expression génique en lien avec la conformation tridimensionnelle du génome et la condensation de la chromatine chez les eucaryotes.
Il s'agit d'un groupe de travail interdisciplinaire qui aborde aussi bien les aspects expérimentaux (biologie cellulaire et moléculaire) que les aspects analytiques (bioinformatique et biostatistique). On y parle de manips et de données Hi-C, ChIP-seq, RNA-seq et d'autres omiques. Les réunions se font en général au centre INRAE de Toulouse-Auzeville avec télédiffusion en ligne (https://meet.jit.si/chrocogen).

A bientôt !

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Actualités/programme :

- 2021/05/06. Jeudi 6 mai à 16h, Pierre nous parlera d'une étude de corrélations entre données épigénétiques qui utilise le package adjclust qu'il a développé avec ses collègues pour analyser des données Hi-C (entre autres) : https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa067

- 2021/04/09. Vendredi 9 avril à 16h, Vincent nous parlera du lien entre les boucles d'ADN et la réparation des cassures, présenté dans un article qu'il vient de publier avec ses collègues dans Nature : https://doi.org/10.1038/s41586-021-03193-z

- 2021/04/06. Mardi 6 avril à 15h30. Chrocotalk sur le thème de l'analyse comparative de données Hi-C pour identifier des différences de conformation de la chromatine entre conditions (avec répliques). Je montrerai les résultats qu'on a obtenus dans le cadre du projet Pig3D (développement du muscle chez le porc) et aborderai d'autres approches disponibles et/ou en cours de développement.

- 2020/11/27. Vendredi à 15h je tenterai de parler de boucles d'interaction détectées à partir de matrices Hi-C en faisant une présentation de Peakachu: https://www.nature.com/articles/s41467-020-17239-9

- 2020/11/13. Vendredi 13 novembre à 15h, Nathalie nous présentera deux méthodes d'analyse des domaines topologiques détectables dans les données Hi-C : TADcompare (https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2020.00158/full) et TADpole (https://academic.oup.com/nar/article/48/7/e39/5742820).

- 2020/07/22. Mercredi 22 juillet à 15h, salle 301b, Bâtiment C à INRAE Auzeville : "DNA Methylation Regulates Alternative Polyadenylation via CTCF and the Cohesin Complex", par Guillaume. https://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(20)30192-1

- 2020/07/10. Vendredi 10 juillet à 15h : "Measuring Significant Changes in Chromatin Conformation With ACCOST" ou "TADCompare: An R Package for Differential and Temporal Analysis of Topologically Associated Domains", par Nathalie. https://academic.oup.com/nar/article/48/5/2303/5730377

- 2020/07/07. Mardi 7 juillet 14h : "Transcriptional activation during cell reprogramming correlates with the formation of 3D open chromatin hubs" par Hervé. https://www.nature.com/articles/s41467-020-16396-1

- 2020/06/19. Vendredi 19 juin à 15h : "Accurate loop calling for 3D genomic data with cLoops", par votre serviteur. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz651

- 2020/03/13. Vendredi 13 mars à 16h en salle Vandel, RDC du Bât 4R3 sur le campus de l'UPS (710 cours Rosalind Franklin). Marion nous présentera FitHiChIP: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31530818

- 2020/02/21. Vendredi 21 février 2020 à 15h30, salle RDC des SDAR, INRAE Auzeville. Présentation par Matthias Zytnicki et Nathalie Vialaneix du papier "Selfish: discovery of differential chromatin interactions via a self-similarity measure." (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31510653)

- 2020/01/31. Vendredi 31 janvier 2020 à 15h, salle RDC des SDAR, INRA Auzeville. Présentation par Nathalie Vialaneix d'outils de visualisation de données Hi-C en R, en particulier du package GENOVA.

- 2019/12/04 et 5. Chromosome conformation symposium. Speakers: Marco Di Stefano (CNAG-CRG, Barcelona, Spain), Vera Pancaldi (CRCT, Toulouse, France), Frédéric Bantignies (IGH, Montpellier, France), Maria Marti-Marimon (CNAG-CRG, Barcelona, Spain), Nicolas Servant (Institut Curie, Paris, France), Raphaël Mourad (IBCG, Toulouse, France), Cyril Kurylo (GenPhySE, INRA, Toulouse, France), Nathanaël Randriamihamison (MIAT, INRA, Toulouse, France). Lieu: INSA de Toulouse, salle 109, bât 20 au 1er étage.

- 2019/07/18. Jeudi 18 juillet, salle RDC des SDAR en face de l'accueil du centre INRA Toulouse Auzeville: présentation par Sarah Djebali de l'article "Reconstruction of enhancer–target networks in 935 samples of human primary cells, tissues and cell lines" dispo ici: http://genoweb.toulouse.inra.fr/~sdjebali/papers/cao/cao_nature_genet_2017_enhgene_networks.pdf

- 2019/07/15. Lundi 15 juillet, salle RDC des SDAR en face de l'accueil du centre INRA Toulouse Auzeville: présentation par Sylvain Foissac de l'article "Chromatin three-dimensional interactions mediate genetic effects on gene expression": https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31048460

- 2019/07/01. Lundi 1er juillet à 14h30, salle RDC des SDAR en face de l'accueil du centre INRA Toulouse Auzeville: présentation par Matthias Zytnicki de l'article "Binless normalization of Hi-C data provides significant interaction and difference detection independent of resolution": https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31028255

- 2019/06/07 (Vendredi 7 juin à 14h30 en salle visio du bâtiment C - RV 14h20 à l'accueil si besoin).
Chrocotalk de Raphaël Mourad intitulé "Prediction of regulatory elements and long-range enhancer-promoter contacts: A review."

- 2019/06/06 (Jeudi 6 juin à 14h30 en salle visio du bâtiment C - RV à l'accueil à 14h20 pour les externes)
Chrocotalk: Cyril Kurylo nous montrera comment on peut distinguer les compartiments génomique A/B à partir de données Hi-C et détecter des changements de compartiments entre conditions.

- 2019/05/23 (Jeudi 23 mai à 14h30 en salle RDC des SDAR)
Chrocotalk: Nathanael Randriamihamison nous montrera comment distinguer des cartes Hi-C issues de conditions biologiques différentes par clustering hiérarchique. Pour compléter je présenterai quelques-uns des nouveaux résultats du projet fragencode sur de la comparaison de structures génomiques entre espèces (conservation des compartiments A/B et des frontières de TAD).

-2019/03/15
Chrocotalk: Données Hi-C et variations de structure (1D) (Thomas Faraut)
https://www.nature.com/articles/nbt.2768
https://www.nature.com/articles/s41588-018-0195-8
https://www.pnas.org/content/116/6/2175.short

- 2019/03/14
Chrocopub: Séminaire CBI "Characterizing 3D genomic structure using networks" (Vera Pancaldi)

- 2019/02/14
Chrocotalk: Méthodes de détection de TADs (Pierre Neuvial)
A critical assessment of topologically associating domain prediction tools (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5389712/)
Comparison of computational methods for the identification of topologically associating domains (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6288901/)
Slides: https://plmbox.math.cnrs.fr/f/8aa09c78ec0842329ed4/

- 2019/02/08
Chrocopub: Séminaire au CBI "Epigenome folding: a main driver of 3D nuclear organization" (Daniel Jost)

- 2018/12/21
Chrocotalk: "Comparison of Hi-C data using the HiCcompare tool" (Sylvain Foissac)
Pour la première réunion du groupe chrocogen je vous propose quelques résultats récents (tout frais, pour ne pas dire préliminaires) obtenus en comparant des données Hi-C produites sur des échantillons différents. L'outil testé s'appelle HICcompare:
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2288-x

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