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Subject: Chromatin Conformation and Gene Expression

Description: Chers chrocollègues,

Bienvenue sur la liste de diffusion CHROCOGEN (CHROmatin COnformation and GENe expression). Cette liste a pour but de faciliter les échanges entre scientifiques qui s'intéressent aux mécanismes cellulaires de régulation de l'expression génique en lien avec la conformation tridimensionnelle du génome et la condensation de la chromatine chez les eucaryotes.
Il s'agit d'un groupe de travail interdisciplinaire qui aborde aussi bien les aspects expérimentaux (biologie cellulaire et moléculaire) que les aspects analytiques (bioinformatique et biostatistique). On y parle de manips et de données Hi-C, ChIP-seq, RNA-seq et d'autres omiques. Les réunions se font en général au centre INRA de Toulouse-Auzeville, avec diffusion en ligne par téléconf si possible.

A bientôt !

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Actualités/programme :

- 2019/07/18. Jeudi 18 juillet, salle RDC des SDAR en face de l'accueil du centre INRA Toulouse Auzeville: présentation par Sarah Djebali de l'article "Reconstruction of enhancer–target networks in 935 samples of human primary cells, tissues and cell lines" dispo ici: http://genoweb.toulouse.inra.fr/~sdjebali/papers/cao/cao_nature_genet_2017_enhgene_networks.pdf

- 2019/07/15. Lundi 15 juillet, salle RDC des SDAR en face de l'accueil du centre INRA Toulouse Auzeville: présentation par Sylvain Foissac de l'article "Chromatin three-dimensional interactions mediate genetic effects on gene expression": https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31048460

- 2019/07/01. Lundi 1er juillet à 14h30, salle RDC des SDAR en face de l'accueil du centre INRA Toulouse Auzeville: présentation par Matthias Zytnicki de l'article "Binless normalization of Hi-C data provides significant interaction and difference detection independent of resolution": https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31028255

- 2019/06/07 (Vendredi 7 juin à 14h30 en salle visio du bâtiment C - RV 14h20 à l'accueil si besoin).
Chrocotalk de Raphaël Mourad intitulé "Prediction of regulatory elements and long-range enhancer-promoter contacts: A review."

- 2019/06/06 (Jeudi 6 juin à 14h30 en salle visio du bâtiment C - RV à l'accueil à 14h20 pour les externes)
Chrocotalk: Cyril Kurylo nous montrera comment on peut distinguer les compartiments génomique A/B à partir de données Hi-C et détecter des changements de compartiments entre conditions.

- 2019/05/23 (Jeudi 23 mai à 14h30 en salle RDC des SDAR)
Chrocotalk: Nathanael Randriamihamison nous montrera comment distinguer des cartes Hi-C issues de conditions biologiques différentes par clustering hiérarchique. Pour compléter je présenterai quelques-uns des nouveaux résultats du projet fragencode sur de la comparaison de structures génomiques entre espèces (conservation des compartiments A/B et des frontières de TAD).

-2019/03/15
Chrocotalk: Données Hi-C et variations de structure (1D) (Thomas Faraut)
Le thème de la discussion de vendredi porte sur données HiC et variation de structure (1D).
Pour introduire le sujet je propose de commencer par parler de ce papier:
https://www.nature.com/articles/nbt.2768
comment on peut utiliser des données HiC pour faire de l'assemblage (et donc comment les données HiC signent la structure 1D).
Je voulais ensuite présenter ce papier:
https://www.nature.com/articles/s41588-018-0195-8
en me limitant à la partie détection de variants de structure avec données HiC.
Enfin (à partir de 17h30 :-)) le papier proposé par Sylvain:
https://www.pnas.org/content/116/6/2175.short

- 2019/03/14
Chrocopub: Séminaire CBI "Characterizing 3D genomic structure using networks" (Vera Pancaldi)

- 2019/02/14
Chrocotalk: Méthodes de détection de TADs (Pierre Neuvial)
A critical assessment of topologically associating domain prediction tools (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5389712/)
Comparison of computational methods for the identification of topologically associating domains (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6288901/)
Slides: https://plmbox.math.cnrs.fr/f/8aa09c78ec0842329ed4/

- 2019/02/08
Chrocopub: Séminaire au CBI "Epigenome folding: a main driver of 3D nuclear organization" (Daniel Jost)

- 2018/12/21
Chrocotalk: "Comparison of Hi-C data using the HiCcompare tool" (Sylvain Foissac)
Pour la première réunion du groupe chrocogen je vous propose quelques résultats récents (tout frais, pour ne pas dire préliminaires) obtenus en comparant des données Hi-C produites sur des échantillons différents. L'outil testé s'appelle HICcompare:
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2288-x
Je pense expliquer brièvement la méthode et montrer ce que ça donne en pratique sur des lignées cellulaires humaines, et peut-être aussi sur des données de muscle foetal porcin.

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