La compréhension des mécanismes biologiques repose sur l'observation de phénomènes dynamiques, à la fois dans l'espace et dans le temps. En particulier, le développement embryonnaire et la morphogénèse intègrent des interactions multi-échelles complexes qu'il est difficile d'appréhender sans une observation de visu des phénomènes.

Les nouvelles avancées technologiques en matière de microscopie nous permettent aujourd'hui d'accéder aux informations mécaniques de l'embryon, telles que la position et la forme des cellules. Cependant, les outils permettant de visualiser ces données et leur interprétation en 3D+temps sont encore rares. Il n'existe à l'heure actuelle aucun consensus visant à homogénéiser les formats de données, et beaucoup de données sont publiées sans que les outils permettant de les vérifier ne soient mis à la disposition de la communauté.

Nous présentons ici le logiciel Mov-IT développé par BioEmergences pour visualiser des données 3D+temps de processus biologiques. En plus des données brutes générées par les logiciels de microscopies, Mov-IT permet de visualiser les résultats obtenus par les algorithmes semi-automatiques de détection des objets et des surfaces proposés par BioEmergences. Mov-IT s'intègre également dans le contexte plus large du Workflow BioEmergences et de sa base de données. Les outils que nous proposons visent à unifier la communauté scientifique autour des mêmes objets numériques et ainsi offrir plus d'échanges et plus de transparences dans nos résultats et nos interprétations.

public/fabreges.txt · Dernière modification: 2015/12/14 18:46 par perrine.paul-gilloteaux@univ-nantes.fr