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Rencontre « Cycle de vie des images en microscopie : les enjeux techniques »

Coupe de muguet observée en fluorescence en microscopie confocale par mosaiquage; Credit:MicroPicell Nantes, CNRS UMS 3556 INSERM UMS 16 La Mission pour l'Interdisciplinarité du CNRS et les réseaux CALCUL, DEVLOG, RBDD, RCCM, REMISOL, RTMFM organisent le 15/12/2015 de 9h30 à 17h30 à Paris une journée d'exposés et de rencontres autour du traitement d'images en microscopie.

Cette journée traitera de l'ensemble du cycle de vie des images, au vu des évolutions techniques majeures récentes. En effet, le travail aux interfaces entre différentes disciplines est une des clefs pour lever les verrous technologiques.

Thèmes abordés

Les 4 thèmes suivants seront abordés :

  • T1 -  Workflow de traitements sur big data : extraction d'information, gestion de flux de tâches, fouille de données, codes de calcul
  • T2 - Génie logiciel: Quel logiciel (développement sur mesure ou utilisation de solutions existantes) ? Comment développer, valider, diffuser ? 
  • T3 - Infrastructures de calcul  et de stockage adaptées aux données images de microscopie
  • T4 - Outils et méthodes d'enrichissement sémantique des images (quels standards de métadonnées et/ou ontologies pour le partage, l’indexation/le référencement de l’information ?)

Programme des interventions

Par défaut les interventions prendront la forme de 15 minutes d'exposé + 5 minutes de questions, afin de favoriser les discussions tout au long de la journée.



Début des exposés : 9h30

  • 9h30 - 10h15 : Exposé d'ouverture : Marc Baaden, Institut de Biologie Physico-Chimique, Paris. Au coeur des molécules - du calcul intensif au calcul intuitif


  • 10h15 - 10h40 : Pause Café


  • 10h40 - 12h00 : Session Génie Logiciel
    • 10h40 : Thierry Pecot, Inria. Mobyle@SERPICO : Méthodes d’analyse d’image sur un portail web Mobyle.
    • 11h00 : Sylvain Prigent, Université de Rennes. Le guichet d'analyse d'images de Biogenouest
    • 11h20 : Thierry Savy, Bioemergences, Gif-Sur-Yvette. Visualisation interactive 3D+temps


  • 11h40 - 12h20 : Session Workflow et présentation des réseaux
    • 11h40 : Daniel Racoceanu, Université Pierre et Marie Curie, Massive data in Digital Patholgy: insights about semantics/micro-semiology and scalable imaging methods.
    • 12h00 : Groupe de travail Traitement d'images en Microscopie : Présentation des réseaux ayant organisé ces journées.


  • 12h20 - 13h45 : Repas


  • 13h45 - 14h45 : Session Sémantique
    • 13h45 : Raphael Maree, Université de Liège. Cytomine for semantic analysis of large-scale bioimaging data
    • 14h05 : Alban Gaignard, Université de Nantes. SyMeTRIC, vers un environnement virtuel de recherche multi-sites dédié à la médecine systémique
    • 14h25 : Jean-francois Gilles, Université Pierre et Marie Curie : 3D Distance analysis & colocalisation with DiAna, a novel ImageJ based tool


  • 14h45 - 16h10 : Session Infrastructures - Partie 1
    • 14h45 : Michel Smadja, Infrastructure simplifiant les développements et le déploiement d’algorithmes d’imagerie.


  • 15h05 - 15h30 : Pause Café


  • 15h30 - 16h10 : Session Infrastructures - Partie 2
    • 15h30 : Jean Salamero, Institut Curie, Paris : Un cas d'étude concernant l'architecture des bases de données images, “CiD-iManage”
    • 15h50 : Jonathan Michalon, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Strasbourg : Environnement informatique d'imagerie microscopique en biologie structurale à l'IGBMC


  • 16h10 - 17h30 : Session Inter-disciplinaire et table ronde
    • 16h10 : René Doursat, Institut de des Neuro-Sciences Paris-Saclay, Multiscale in vivo imaging for the multilevel modeling of morphogenetic processes: data management and data analysis
    • 16h30 : Table ronde. Actions communes et transverses issues de ces journées.


Inscriptions

Les inscriptions sont gratuites et obligatoires, pour des raisons logistiques.

Informations pratiques

Lieu : Amphi Charpak Jussieu Paris – voir plan d’accès
Horaire : de 9h30 à 17h30

Ces journées seront web-diffusées

Comité de programme et d'organisation

Perrine Paul-Gilloteaux, Romaric David, Florent Langrognet, Christine Plumejeaud, Damien Schapman, Fabrice Richard, David Albertini, Suzanne Bolte, Vanessa Tocut.

public/index.1448790376.txt.gz · Dernière modification: 2015/11/29 10:46 par david@unistra.fr